все

История Алесте касается искусственного суперкомпьютера DIA 51, который был заражен гибридным вирусом, который распространяется со скоростью лесного пожара, что в конечном итоге привело DIA 51 к уничтожению человечества.

Действие игры происходит в 2039 году, через два десятилетия после того, как суперкомпьютер DIA 51 атаковал и уничтожил Землю.

Aleste Gaiden — это игра shoot ’em up с вертикальной прокруткой. Сюжет разворачивается в альтернативной последовательности и следует за Рэймондом Вайзеном, главным героем первой игры Aleste, который носит кибернетический костюм ниндзя под кодовым названием, чтобы свергнуть суперкомпьютер DIA 51.

Сюжет игры описан в руководстве, прилагаемом к игре и содержащем небольшой комикс, а также в самой игре во вступительной заставке.